دکتری پژوهش‌محور رایج‌ترین شیوه تربیت دانشجوی دکتری در کشورهای برتر علمی دنیا است که در آن سعی می‌شود دانشجوی به جای وابستگی به دانش استاد راهنما؛ به دانشمندی مستقل با توانایی تولید علم تبدیل شود

 دو مدل رایج تربیت دانشجوی دکتری در دنیا شامل مدل درس‌محور (course based) و پژوهش‌محور (research based) که البته تا کنون حرف اول و آخر در تربیت دانشجوی دکتری در ایران با مدل درس‌محور بوده است اما وزارت علوم، تحقیقات و فناوری از آزمون نیمه متمرکز دکتری سال 90 به درج کد رشته‌هایی در دفترچه انتخاب رشته پذیرفته‌شدگان اولیه این آزمون اقدام کرد که حاکی از ورود مدل «دکتری پژوهش‌محور» به نظام تربیت دانشجوی دکتری در کشورمان بود.

در تربیت دانشجوی دکتری در مدل درس‌محور (course based) دانشجو موظف به گذراندن تعدادی واحد درسی بر مبنای برنامه آموزشی در هر نیمسال تحصیلی است. گرچه ممکن است دروس گذرانیده شده در دوره‌های قبل در این دوره تکرار شوند و یا دروسی که به آنها در آینده نیاز مبرمی داشته باشند هرگز ارائه نشوند و در پایان پس از قبولی در امتحان جامع، موضوع پایان‌نامه انتخاب می‌شود.

در دوره‌های دکتری پژوهش‌محور (research based) دانشجو پس از انتخاب استاد راهنما و موضوع رساله دوره‌ای سه تا 6 ساله را می‌گذراند. در این مدت به تشخیص استاد راهنما یا نیاز دانشجو، دروسی به صورت پراکنده و سازمان‌نیافته و در راستای عنوان رساله گذرانده می‌شود و در نهایت از رساله دفاع می‌شود.

اگرچه در برخی کشورها همچون هلند پیش‌شرط‌هایی برای دفاع از رساله وجود دارد که معمولاً مربوط به چاپ تعداد حداقلی از مقالات علمی با استفاده از رساله است. در این نظام، فراغت از تحصیل به معنای آن است که فرد از دانشجوی وابسته به علم استاد راهنما به دانشمندی مستقل با توانایی تولید علم مبدل می‌شود.

جدول ذیل که برداشتی از مرور ساختاریافته مدل‌های مختلف آموزش دکترای تخصصی در 10 کشور برتر دنیا است برگرفته از مقاله «رویکرد تحول‌گرایانه به نظام آموزش دکترای تخصصی در کشور؛ مرور ساختاریافته مدل‌های آموزشی دانشگاه‌های برتر دنیا» نوشته بهنام صادقی‌راد، علی اکبر حق‌دوست، مجید فصیحی هرندی و آزاده روح‌الامینی از پژوهشگران دانشگاه علوم پزشکی کرمان است، شرایط پذیرش و نحوه ارزیابی دوره‌های دکتری «آموزش‌محور» و «پژوهش‌محور» در کشورهای برتر علمی دنیا را نشان می‌دهد.

دوره‌های دکتری پژوهش‌محور از این جهت باعث تقویت ارتباط صنعت و دانشگاه می‌شوند که دانشجوی دکتری پژوهش‌محور، تحصیل خود را با پروژه‌ای شروع می‌کند که مربوط به نیاز یکی از صنایع یا یکی از دستگاه‌ها است و این نیاز به عنوان موضوع رساله دانشجو قرار می‌گیرد. بنابراین دوره دکتری پژوهش‌محور یک دوره تحصیلی تقاضامحور می‌شود که دانشجو در آن با یک موضوع جدی و واقعی درگیر شده و علاوه بر بالا رفتن سطح علمی کشور نیازی نیز از جامعه برطرف می‌شود